倒置顯微鏡組成和普通顯微鏡一樣，主要包括三部分：機械部分、照明部分、光學部分。 倒置顯微鏡組成和普通正置顯微鏡一樣，只不過物鏡與照明系統(tǒng)顛倒，前者在載物臺之下，后者在載物臺之上。 這樣的構造使得照明聚光系統(tǒng)與載物臺的有效距離可以顯著擴大，便于放置培養(yǎng)皿、細胞培養(yǎng)瓶等較厚的待觀察器具(當然載玻片等也可以)，而同時物鏡與材料之間的工作距離不必很大。 倒置顯微鏡供醫(yī)療衛(wèi)生單位、高等院校、研究所用于微生物、細胞、細菌、組織培養(yǎng)、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續(xù)觀察細胞、細菌等在培養(yǎng)液中繁殖分裂的過程，并可將此過程中的任一形態(tài)拍攝下來。 在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業(yè)微生物學、植物學等領域中應用廣泛。
熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 對被檢物體來說，熒光產(chǎn)生方式有兩種：自發(fā)熒光，經(jīng)過紫外照射直接發(fā)出熒光；繼發(fā)熒光，被觀察物體經(jīng)過熒光染料處理之后，經(jīng)過紫外光照射才能發(fā)出熒光。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后產(chǎn)生自發(fā)熒光；另有一些物質本身雖不能發(fā)熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經(jīng)紫外線照射亦可發(fā)出繼發(fā)熒光。 熒光顯微鏡利用一個高發(fā)光效率的點光源，經(jīng)過濾色系統(tǒng)發(fā)出一定波長的光(紫外光365nm或紫藍光420nm)作為激發(fā)光、激發(fā)標本內的熒光物質發(fā)射出各種不同顏色的熒光后，再通過物鏡和目鏡的放大進行觀察。 這樣在強烈的對襯背景下，即使熒光很微弱也易辨認，敏感性高，主要用于細胞結構和功能以及化學成分等的研究。
熒光顯微鏡分為透射式和落射式兩類，前者較為原始，后者較為先進。 兩類熒光顯微鏡的基本構建相似，主要區(qū)別為：透射式的激發(fā)光透過標本，標本整體產(chǎn)生熒光，熒光再進入物鏡，放大倍數(shù)越高，熒光越弱；落射式的激發(fā)光投射在標本表面，標本表面產(chǎn)生熒光，熒光再進入物鏡，放大倍數(shù)越高，熒光越強，適于進行高倍觀察。 熒光顯微鏡主要構件有汞燈光源、激發(fā)濾板、分色鏡(落射式)、壓制濾板、暗場聚光鏡(透射式)等。此外，由于汞燈發(fā)熱嚴重，大多還裝有吸熱濾鏡。 部分熒光顯微鏡還有相差物鏡和環(huán)狀光闌，因此可以進行相差觀察。 還有的熒光顯微鏡采取倒置構架，又是倒置顯微鏡，等等。
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